De origen indio, nativo americano, nació en 1.941 en Oregón. Tocó el tenor y también la flauta y el soprano. Fue de los pioneros de la fusión del jazz y el rock, con su banda The Free Sprits, activa entre 1.965 y 1.968, con el guitarrista Larry Coryell. Combinó el jazz con las raíces de la música nativa americana, animado fundamentalmente por Don Cherry y Ornette Coleman, dos grandes del free. Pepper fue activista en la defensa del movimiento indígena americano.
Su mayor éxito “Witchi Tai To”, un canto nativo americano que entró en las listas de Billboard, se derivaba de una canción de la iglesia nativa, y fue el ejemplo más famoso de su estilo híbrido, y versionada por otros grandes, incluso por la orquesta sinfónica de jazz de Gunter Schuller, que fue el autor de los arreglos, además de director de la orquesta.
Pepper nos dejó en 1.992 a causa de un linfoma.